功能性消化不良的治疗目标是缓解或理想控制症状，并持续维持症状缓解状态，改善患者的生活质量。在功能性消化不良治疗策略选择以及与患者的交流中，要特别注意摒除将功能性消化不良症状与胃黏膜病理改变状态相关联的思维方式。而且要对功能性消化不良患者进行耐心细致的疾病认知宣教，尽可能打消患者的顾虑，特别是对胃黏膜改变病理诊断描述的不正确理解以及对风险、预后的不正确判断。功能性消化不良的疗效评估完全依照症状的缓解和维持缓解情况，与胃黏膜损伤和修复状态无关。
由于功能性消化不良症状多样、病因或症状发生机制复杂，功能性消化不良的治疗决策，必须建立在准确、细致分析症状产生的病因和可能的病理生理机制环节上。与患者保持良好沟通，做好疾病知识宣教，应该作为功能性消化不良治疗中的重点之一。
生活治疗
对于Hp阳性的功能性消化不良，根除Hp治疗应该放在首位。功能性消化不良的治疗过程中，应嘱患者根据自身的具体情况，调整生活和饮食方式。另外，详尽解释功能性消化不良症状和胃黏膜改变之间没有确切的相关性，功能性消化不良治疗的目的和策略等应该作为功能性消化不良治疗策略中不可缺少的部分。
药物治疗
功能性消化不良症状产生的病生环节非常复杂，可能涉及胃酸刺激、胃排空障碍、胃肠运动节律改变、内脏感觉反应高敏感等。因此治疗药物的选择和联合用药的搭配要坚持个体化的原则。
武汉国医堂医院胃肠科是省级重点科室，是湖北省唯一一家严格按照世界卫生组织诊疗规范设立的专业胃肠道疾病研究与诊疗中心，是一所集临床医学研究、临床信息采集胃肠病专病特色的防治机构，已经形成一套较完整的治疗胃肠疾病的有效方法。
武汉胃肠医院科室中西医结合，既有中医世家研发的“秘方”，同时引进国际先进的诊疗技术和设备，如湖北省独家引进“美国CTS胃肠三维无痛诊断系统”，真正实现胃肠病检查不插管、不下镜，并结合幽门螺杆菌检测和无痛电子肠胃镜，精确筛查胃肠癌；引进“欧姆纳米波疗法”、肠道透析疗法，独创40年国医之精粹“中西医平衡三维疗法”等专利治疗技术，形成了优越的技术特色和专业优势，被誉为“湖北省胃肠病第一品牌”。
