幽门螺杆菌的治疗主要靠抗生素治疗。但是有的药对治疗幽门螺杆菌的有效，有的则没有多大效果。
武汉国医堂医院一般采用的治疗方案的原则是：
①采用联合用药方法;
②幽门螺旋杆菌的根除率80%，最好在90%以上;
③无明显副作用，病人耐受性好;
④病人经济上可承受性。
目前国内外常用的抗幽门螺旋杆菌药物有：胃复春片、羟氨苄青霉素、甲硝唑、克拉霉素、四环素、强力霉素、呋喃唑酮、有机胶态铋剂(de-nol等)、胃得乐(胃速乐)、乐得胃、西皮氏粉和胃舒平等。溃疡病患者尚可适当结合应用质子泵抑制剂或h2受体拮抗剂加上两种抗菌素，或者质子泵抑制剂(如奥美拉唑)加上一种抗菌素。疗程一般为两个星期。由于治疗幽门螺旋杆菌感染抗菌方案的广泛应用，有可能扩大耐药性问题的产生。因此，将来替换性的治疗或预防策略，如疫苗预防或免疫治疗的研究是值得重视的。
