幽门螺杆菌感染的致病机理目前还不是十分明了，而且不是一切人群感染幽门螺杆菌都会致病的。
慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌等与幽门螺杆菌感染密切相关：
慢性胃炎：慢性胃炎是临床发病率较高的疾病症，患者多表现为上腹部不适、胀饱感、有时疼痛、腹胀或腹泻、食欲差等病症。目前幽门螺杆菌被以为是慢性胃炎的主要致病要素，据分析，感染幽门螺杆菌后可降低胃粘膜免疫抵御力，并产生对胃粘膜的有害的毒素因子，长期存在即可导致胃粘膜的慢性炎症。
消化性溃疡：消化性溃疡临床包含十二指肠溃疡和胃溃疡两种，研究发现，胃溃疡的幽门螺杆菌检出率约为70％，十二指肠溃疡的幽门螺杆菌检出率约为90％，也就是说幽门螺杆菌是消化性溃疡重要致病因子。患者多表现为有规律的上腹疼痛，此外还有烧心、反胃、嗳酸、嗳气、恶心、呕吐等其他胃肠道病症。
胃癌：胃癌是胃病史上患者最不愿接触的疾病症之一，有研究证明，幽门螺杆菌与胃癌的发作有十分密切的关系，研究显现幽门螺杆菌可引起细胞过度增殖，使DNA易受损伤；幽门螺杆菌还可引起原癌基因激活，抑癌基因失活，癌基因过度表达及基因突变等，因此以为幽门螺杆菌是胃癌的一个启动因子。
